Yaptığı yazılı açıklamada, soruşturmanın Haziran 2007'de Ümraniye'de ele geçirilen patlayıcı maddeler sebebiyle başlatıldığını hatırlatan Engin, medyadaki asılsız haber ve yorumların, soruşturmanın sağlıklı olarak yürütülmesini zorlaştırdığını vurguladı. Başsavcı, "Bağımsız yargı organları, görevlerini yasalar çerçevesinde yapmakta olup, herhangi bir kişi, kurum ve kuruluşun etkisi ile veya başka maksatlarla hareket etmeleri mümkün değildir." dedi.

Başsavcısı Aykut Cengiz Engin, soruşturmanın gizliliği ve yayın yasağı kararları dikkate alınarak açıklama yapılmasının gerekli görüldüğüne vurgu yaptı. Engin, CMK'nın 250. maddesinde belirtilen suçlara bakmakla yetkili biriminde görevli 3 cumhuriyet savcısı tarafından yürütülen soruşturmaya ilişkin olarak bu birimlerden alınan şu bilgilere yer verdi: "21 Mart 2008 tarihinde yapılan operasyonda gözaltına alınanlardan birçoğunun Ergenekon soruşturması dosyasındaki delillere göre, önceki tarihlerde bu soruşturma kapsamına alınan kişiler olup, yapılan işlemlerin de bu soruşturmanın devamı niteliğindedir. Cumhuriyet savcılarının talimatıyla bu soruşturmanın icrasıyla görevlendirilen kolluk biriminin başvurusu üzerine, acil sebepler ve operasyonun eşzamanlı olarak yapılmasının gerektirdiği zorunluluk nedeniyle ve mahkeme kararlarına istinaden arama, el koyma ve gözaltı işlemleri gece yapılmıştır. Soruşturma sebebiyle gözaltına alınan şüphelilerin, tüm yasal haklarının korunması hususunda gerekli özenin gösterilmesi ve tedbirlerin alınması için görevli cumhuriyet savcıları tarafından ilgili birimlere talimat verilerek, yasal işlemlerin kısa sürede ikmal edilmesinin sağlandığı tespit edilmiştir."

Son operasyonun ardından basın ve yayın organlarında Türkiye'nin gündeminde yer alan önemli başka davalarla Ergenekon soruşturması arasında paralellik kurulmaya çalışıldığı ve bu doğrultuda yanlış ve gerçek dışı yorum ve değerlendirmeler yapıldığının görüldüğüne işaret eden Engin, açıklamasında şunları kaydetti: "Ergenekon soruşturması, 2007 yılı Haziran ayında başlatılmış olup gerek 21 Mart 2008 tarihinde, gerekse daha önce bu kapsamda yapılan operasyonların kamuoyu gündeminde yer alan diğer davalarla hiçbir ilişkisi bulunmamaktadır. Bağımsız yargı organları, görevlerini sadece yasalardan aldığı yetkiye dayanarak ve yasalar çerçevesinde yapmakta olup, tüm soruşturma ve kovuşturmalarda herhangi bir kişi, kurum ve kuruluşun etkisi, yönlendirmesi ile veya başka maksatlarla hareket etmeleri kesinlikle mümkün bulunmamaktadır. Bunlara rağmen yazılı ve görsel basın yayın organlarımızda yapılan ve gerçek durumu yansıtmayan asılsız haber ve yorumlar bu soruşturmanın sağlıklı olarak yapılmasını zorlaştırmakta, yargı organları aleyhine haksız eleştiri, değerlendirme ve güvensizliğe sebebiyet vermektedir."

Sürecin sonuna yaklaşıldı

İstanbul Cumhuriyet Başsavcısı Aykut Cengiz Engin, basın ve yayın organlarının soruşturmayla ilgili gizlilik ve yayın yapma yasağını dikkate almalarının soruşturmanın selameti açısından gerekliliğine dikkat çekti. Başsavcı Engin, açıklamasını şöyle tamamladı: "Soruşturmanın kapsamı, elde edilen deliller, bilgi ve belgelerin yüz binlerce sayfa oluşturması, bunların incelenmesi, analizi ve tasnifinin uzun süreyi gerektirmesi, bu belgelere istinaden ek operasyonlar yapılması gibi zorunlu sebeplerle soruşturmanın bugüne kadar uzadığı, ancak bu süreçte bu soruşturma sebebiyle tutuklu bulunanların tutukluluk halleri ve hukuki durumlarının en geç birer aylık sürelerde hakim tarafından incelenerek tutukluluk hallerinin devam edip etmeyeceği hususunda kararlar verdiği ve bu sürecin sonuna yaklaşıldığı tespit edilmiştir."